Bioinformática
LANASE cuenta con equipo de cómputo de alto rendimiento y una solución de almacenamiento de repositorio de datos biológicos, todo esto con la finalidad de dotar al laboratorio de una infraestructura que permita compilar, almacenar, analizar y visualizar el producto de los resultados de grandes volúmenes de información garantizando el acceso a recursos computacionales de última generación.
El clúster híbrido de última generación cuenta con procesadores Intel Xeon y GPUs NVIDIA Kepler con 2880 CUDA cores. También cuenta con un sistema de almacenamiento de última generación para albergar bases de datos biológicas. Adicionalmente, el clúster cuenta con un nodo de visualización con multidisplays para desplegar resultados producto de ejecuciones en el clúster.
En esta área de se realiza investigación acerca de la generación de estructuras de datos especializadas que eficienticen las búsquedas en grandes conjuntos de datos con la finalidad de caracterizar información y realizar análisis estadísticos.
Laboratorio de Genómica
La secuenciación masiva de ácidos nucleicos es parte importante de muchos proyectos de investigación en diferentes áreas de las Ciencias Biológicas y Médicas; obtener esta información de forma rápida y con altos estándares de calidad puede representar una limitante para el desarrollo de dichos proyectos
El LANASE cuenta con un secuenciador de próxima generación Illumina NextSeq 550 que permite obtener perfiles de expresión, secuenciación de exomas o genoma completo y secuenciación de mRNA con altos niveles de cobertura en tiempos cortos una vez que el material está listo para secuenciación. Así mismo el equipo con el que cuenta LANASE ofrece la posibilidad de realizar escaneo de arreglos (microarreglos) realizados utilizados con la tecnología BeadArray de Illumina.
Las secuencias obtenidas mediante el Illumina NextSeq 550 pueden ser ensambladas automáticamente mediante la plataforma nativa del equipo o bien pueden ser extraídas para su procesamiento con otras herramientas informáticas.
NGS
- Construcción y secuenciación de bibliotecas metabarcoding para estudios de biodiversidad, uso y disponibilidad de recursos genéticos.
- Genotipificación de abejas melíferas por múltiples amplicones
- Secuenciación de genomas, transcriptomas, exomas y epigenomas
- Indexación dual y secuenciación de bibliotecas
PCR en tiempo real y análisis de HRM
- Identificación de organismos patógenos y no patógenos por qPCR
- Cuantificación de bibliotecas genómicas y metagenómicas
- Detección de variantes genéticas y SNPs por HRM
Electroforesis capilar
- Determinación del tamaño de las bibliotecas genómicas y metagenómicas
- Detección de variantes genéticas por análisis de fragmentos de ADN
Extracción de Ácidos Nucleicos
- Extracción de ADN de organismos no-modelo y de muestras ambientales
- Extracción de RNA tanto de organismos como de muestras ambientales
- Extracción simultanea de ADN y ARN
Otros Servicios
- Contador de partículas
- Captura y análisis de muestras bajo epifluorescencia